安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年，省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。

学校是国家中医临床研究基地、国家中药现代化科技产业（安徽）基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地，国家博士授权单位、硕士研究生推荐免试单位。现占地总面积1269.68亩，有少荃湖、梅山路、史河路、六安路四个校区。图书馆藏书201.55万册，古籍部珍藏古籍线装书3.3万册，是“全国古籍重点保护单位”。中药资源中心腊叶标本室储藏了15万份药用植物腊叶标本，是全国医药院校珍藏标本最丰富的标本室。新安医学文化中心是安徽省中医药文化宣传教育基地。