学校校本部设有11个学院、1个研究中心，包括基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、生物医学工程学院、中医药学院、医学人文学院、全科医学与继续教育学院、马克思主义学院、国际学院、燕京医学院，脑重大疾病研究中心。学校现有22所临床医学院（其中20所为附属医院），包括首都医科大学宣武医院（第一临床医学院）、附属北京友谊医院（第二临床医学院）、附属北京朝阳医院（第三临床医学院）、附属北京同仁医院（第四临床医学院）、附属北京天坛医院（第五临床医学院）、附属北京安贞医院（第六临床医学院）、附属北京积水潭医院（第七临床医学院）、附属复兴医院（第八临床医学院）、附属北京佑安医院（第九临床医学院）、附属北京胸科医院（第十临床医学院）、首都医科大学三博脑科医院（第十一临床医学院）、附属北京地坛医院（第十二临床医学院）、附属北京儿童医院（儿科医学院）、附属北京口腔医院（口腔医学院）、附属北京安定医院（精神卫生学院）、附属北京妇产医院（妇产医学院）、附属北京中医医院（中医药临床医学院）、附属北京世纪坛医院（肿瘤医学院）、附属北京康复医院（北京康复医学院）、附属北京潞河医院（潞河临床医学院）、中国康复研究中心（康复医学院）、中日友好医院（中日友好临床医学院），以及预防医学教学基地（北京市疾病预防控制中心）。

学校有5个国家医学中心、6个国家临床医学研究中心；2个省部共建协同创新中心，2个北京高精尖创新中心；1个省部共建国家重点实验室培育基地、5个教育部重点实验室、1个工信部实验室、1个国家药监局实验室、3个北京实验室、54个北京市重点实验室；1个国家工程研究中心、1个国家工程技术研究中心、4个教育部工程研究中心、10个北京市工程技术研究中心；有3个教育部创新团队，3个科技部重点领域优秀创新团队。

学校现有8个国家重点学科，2个国家重点（培育）学科；60个国家临床重点专科（含中医）；14个国家中医药管理局重点（培育）学科；4个北京市一级重点学科，6个北京市二级重点学科，1个北京市重点交叉学科，1个北京地区高等学校学科群。学校临床医学、神经科学与行为学、药理学与毒理学、免疫学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学、社会科学总论、精神病学与心理学、微生物学、化学、材料科学、环境与生态学12个学科进入ESI学科全球前1%排名，其中，临床医学、药理学与毒理学进入ESI学科前1‰，神经科学与行为学、免疫学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学进入全球前5‰。

各专业的毕业与学位授予请见首都医科大学招生专业介绍。

学校和附属医院现有教师6651人,其中有院士5人；教授1020人，副教授1627人；博士生导师1115人，硕士生导师1511人。

 学校现有全日制在校生15187人，其中研究生6699人，本科生6945人，高专高职生884人，留学生659人；成教生2500人。