学校下设基础医学院、军事预防医学系、药学与检验医学系、生物医学工程与影像医学系、高原军事医学系、全科医学系、医学心理系、护理系、陆军卫勤训练基地、研究生院、外训大队、士官学校（含第二六○医院）、边防卫勤训练大队，以及西南医院、新桥医院（含日喀则分院）、大坪医院（野战外科研究所）三所综合性教学医院。

学校现有国家重点实验室、国家工程技术研究中心等国家级科研平台8个，军队重点实验室32个，重庆市重点实验室、重庆市工程技术中心等重庆市科研平台56个，军队医学研究所、专科中心、专病中心及护理示范基地34个。

学校坚持“以质量取胜、以特色取胜”的办学思想，经过多年建设发展，形成了以军事医学为龙头，医学为主体，理工教管和军事交叉综合的优势学科群，建成了17个国家重点（培育）学科，拥有国家临床重点专科22个，国家中医药重点学科3个，军队“2110工程”重点建设学科及大型公共服务项目4个。

学校现有本科专业13个，拥有博士学位授权一级学科9个、博士学位授权学科点71个，硕士学位授权一级学科2个、硕士学位授权点84个，同时还拥有临床医学博士等9个专业学位授权学科，博士后流动站9个，分布在理学、工学、医学、管理学等4个学科门类。

学校现有高级专业技术人员900余人，其中两院院士4名，三级以上教授30人，“国家杰青”和“长江学者”特聘教授27人，“国家青千”、“国家优青”和“青年长江”15人，7个团队入选国家教育部、科技部、自然科学基金委创新团队。研究生导师718名（博士生导师337名，硕士生导师381名）。另外，还聘请联合培养研究生导师178名（博士生导师61名，硕士生导师117名）。