历史学专业始建于1982年，2005年开始历史学本科招生。被评为菏泽学院特色专业，省级教学改革试点专业。本专业现有专任教师16人，其中教授4人，副教授5人，博士9人，牡丹学者2人。近年来，历史系教师获批国家社科基金立项2项、教育部人文社科基金3项，省级课题5项，校级重点教改课题1项；获山东省社会科学优秀成果奖、山东省教育科学优秀成果奖5项；获批校级科研创新平台3个，校级优秀教学团队1个，校级重点学科1个（中国近现代史），山东省高校在线开放平台首批上线课程1门。历史专业学生获国家大学生创新创业计划立项16人，山东省师范生教学技能大赛一等奖3人、二等奖2人，三等奖4人。毕业生一次就业率均在80%以上。