菏泽学院音乐与舞蹈学院音乐表演系成立于 2016 年，设有中国乐器演奏与流行演唱两个专业方向。流行演唱是山东省第五个开设此专业的高校，中国乐器演奏招收古筝、二胡、竹笛、扬琴、琵琶等中国传统乐器。音乐表演专业现有专职教师 18 人。其中教授 1 人，山东省文化艺术科学重点学科带头人 1 人，校级教学名师 1 人，副教授 2 人，讲师 14人，入选学校“5136 人才工程”1 人；博士 4 人，在读博士2 人，研究生 10人。近年来依托山东省非物质文化遗产研究基地、音乐类非遗项目科研创新团队、山东省中华优秀传统文化传承基地等科研平台，组成了以教授、副教授、博士及相关专业老师参与的科研团队，主持各类科研项目 40 余项，省部级项目 6 项。在国内外重要期刊、会议中共发表论文 100 余篇。获得省级以上奖励及表彰共计 10 余项。出版著作 7部。

本专业踏着时代前进的步伐，迅速成长为最受欢迎的专业之一。流行演唱与中国乐器演奏师生在各级各类大赛中屡创佳绩，在“青春中国-全国歌手大赛”中，两名学生进入决赛，一名学生入围全国十强；流行演唱专业的优秀毕业生王毅在2023年登上了星光大道的舞台，演唱水平得到了导演和观众的一致认可。在2021年评选的山东省第六届大学生艺术展演活动中，音乐表演专业报送的《传统笛箫制作技艺》和《大宅门写意——卢沟晓月》，分获优秀实践教学成果奖和艺术表演（器乐）一等奖。古筝演奏仅2019年就获得省级以上大赛金奖21项、银奖3项。目前，牡丹之都民乐团已纳入菏泽市“十四五”规划，对“鲁西南鼓吹乐”的挖掘与研究方兴未艾，鲁筝艺术博物馆的建成为学生艺术实践提供了更加广阔的舞台。