制药工程专业为辽宁省教育厅重点建设专业之一。本专业充分利用辽宁大学文、史、哲、经、法、理、工、管、艺等多学科的综合优势，致力于培养药学与生命科学、化学、营销、管理等学科相结合的复合型、创新型、高素质应用人才，设置制药和医药营销管理两个主要专业方向。课程设置兼顾专业培养和就业需求，并开设多门专业方向特色课程。与国内多家制药企业、医药贸易公司及科研机构合作，定期安排学生实习以提升学生的实践能力。
近年来制药工程专业毕业生就业率一直保持100%。每年有三分之一左右毕业生被推荐或考取“985”重点院校、中科院等单位攻读硕士学位；其他毕业生主要进入各制药企业、公司从事生产管理、技术开发、分析检测、市场营销等方面工作；还有部分毕业生选择自主创业及考取公务员从事医药管理工作。
主要课程：药物化学、天然药物化学、药物分析、药理学、药剂学、化工原理、制药设备与车间设计、工程制图、制药工艺学等。